Studi pubblicati nell'ambito del Cancer Genome Atlas (TGCA)

Il Cancer Genome Atlas (TCGA) è un importante programma di genomica del cancro che ha caratterizzato molecolarmente oltre 20.000 tumori primari, abbinandone campioni di tessuto normale, che coprono 33 tipi di cancro. Questo sforzo congiunto tra il National Cancer Institute e il National Human Genome Research Institute, entrambe del National Institutes of Health (NIH), è iniziato nel 2006, riunendo ricercatori di diverse discipline e differenti istituzioni. La partecipazione al progetto ha reso possibile al Prof. Gian Luca Grazi di essere co-autore dei 24 lavori scientifici finora pubblicati nell’ambito di questo studio.

Cancer Genome Atlas

Caratterizzazione molecolare completa dell’Hippo pathway nel cancro

I risultati evidenziano l’importanza della segnalazione di Hippo nei tumori a cellule squamose, caratterizzati da frequente amplificazione di YAP / TAZ, elevata eterogeneità di espressione e pattern prognostici significativi. Questo studio rappresenta un approccio biologico dei sistemi per caratterizzare le principali vie di segnalazione del cancro nell’era post-genomica.

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Cancer Genome Atlas

L’analisi globale del cancro rivela alterazioni genetiche ad alta frequenza nei mediatori della segnalazione da parte della superfamiglia TGF-β

Presentiamo un’analisi integromica delle alterazioni geniche che modulano la segnalazione mediata dal fattore di crescita trasformante β (TGF-β) in 9.125 campioni di tumore in 33 tipi di cancro nell’ambito del “Cancer Genome Atlas” (TCGA). Concentrandoci su geni che codificano mediatori e regolatori della segnalazione TGF-β, abbiamo trovato almeno un’alterazione genomica (mutazione, delezione omozigote o amplificazione) nel 39% dei campioni, con le più alte frequenze nei tumori gastrointestinali. Abbiamo identificato hotspot di mutazione nei geni che codificano i ligandi TGF-β (BMP5), i recettori (TGFBR2, AVCR2A e BMPR2) e gli Smad (SMAD2 e SMAD4). Le alterazioni nella superfamiglia TGF-β erano correlate positivamente con l’espressione dei geni associati alle metastasi e con una ridotta sopravvivenza. Le analisi di correlazione hanno mostrato i contributi di mutazione, amplificazione, delezione, metilazione del DNA ed espressione di miRNA all’attività trascrizionale della segnalazione TGF-β in ciascun tipo di cancro. Questo studio fornisce un’ampia prospettiva molecolare rilevante per futuri studi funzionali e terapeutici delle diverse vie del cancro mediate dalla superfamiglia TGF-β.

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